En el Departamento de Sanidad Vegetal se lleva a cabo el diagnóstico e identificación de plagas y enfermedades de plantas y suelos afectados, así como los estudios relacionados con la Vigilancia de Organismos de Cuarentena:

• Diagnósticos fitopatológicos de enfermedades que atacan a las plantas causadas por hongos, bacterias y virus a través de diversas metodologías.
• Diagnósticos nematológicos con identificación de géneros de nematodos parásitos de plantas y su población (análisis cuantitativo), en suelo, raíz, tallo y hojas.
• Diagnósticos entomológicos con identificación de las diferentes órdenes, familias y géneros de insectos plagas en cultivos agrícolas.

Se dispone de instrumentación analítica compuesta por equipos de microscopía, estufas de cultivo, campana de flujo laminar, celda electrolítica y visualizador de geles para análisis de PCR, e instrumental para técnicas Elisa.